informations fournies à titre indicatif et sous réserve de modifications

3 Programme du 1^er semestre (S5) : 4 UE obligatoires dont une à choix3
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UE 5.1- Formation générale
(90h, 9 ECTS, CM : 10h, TD : 35h, TP : 45h)

Anglais (30 h, TD : 30h) Expression écrite et orale, apprentissage du vocabulaire technique.

Outils mathématiques (15 h, CM :10h, TD : 5h) ou Biostatistiques Différentielles et équation différentielles, Calcul matriciel, résolutions de systèmes linéaires, Transformée de Fourier Groupes de symétrie ponctuels

Biostatistiques (15h, CM :10h, TD : 5h) ou Outils mathématiques
Comparaison des variances. Comment tester la normalité d’une distribution ? Une donnée suspecte est-elle aberrante ? Analyse de variance, Régression linéaire et corrélation, Tests non paramétriques.

Travaux pratiques (45 h)

UE 5.2- Cristallographie, spectroscopies
(30h, 5 ECTS, CM : 20h, TD : 10h)

Cristallographie (15h, CM : 10h, TD : 5h) Symétrie : groupes ponctuels, groupes spatiaux, maille cristalline, Théorie de la diffraction, loi de Bragg, transformé de Fourier, Cristallisation, diffraction, méthodes de résolution de structure, Configuration absolue et chiralité, cristallographie des macromolécules biologiques

Application de la Spectroscopie à l’étude de la stéréochimie
(15h, CM : 10h, TD : 5h)

Enantiomérie : méthodes spectroscopiques chiroptiques (pouvoir rotatoire , dispersion rotatoire, dichroïsme circulaire), RMN (complexes de terre rare, solvants chiraux, milieu cristaux liquides)
Diastéréoisomérie : isomérie géométrique, molécules avec plus d’un centre chiral, RMN (couplage scalaire et effet nucléaire Overhauser, IR)
Prochiralité en RMN : atomes de carbone prochiraux sp3, énantiotopie, diastéréotopie
Analyse conformationnelle par RMN, IR, UV

UE 5.3- Biochimie moléculaire et biologie des systèmes
(40h, 6 ECTS, CM : 30h, TD : 10h)

Structures complexes et plasticité des acides nucléiques : superhélicité et structures non canoniques de l’ADN, remodelage du génome, ARN structurés, Arn catalytiques, Méthodologies : radioisotopes en biochimie, microarrays, Modification post-traductionnelles et protéomique, Biologie des systèmes

UE 5.4- UE obligatoire à choix
(90h, 10 ECTS)

UE 5.4.1- Chimie (CM : 60h, TD : 30h)

Radioactivité et radiolyse (CM : 10h, TD : 5h)
La loi de décroissance radioactive, Les différentes formes de radioactivité, Pénétration des rayonnements ionisants dans la matière (effet de TEL), Mesure de radioactivité, marquage radioactif Radiolyse de l’eau et des alcools, Chimie bio-radicalaire

Cinétique (CM : 10h, TD : 5h)
Réactions unimoléculaires en phase gazeuse, réactions en chaîne, processus photochimiques, Catalyse, autocatalyse, réactions oscillantes Méthodes d’études : techniques "conventionnelles", résolues dans le temps, perturbation d’un équilibre et relaxation, techniques de simulation, Théories cinétiques, Effet isotopique

Chimie inorganique, Complexes de coordination (CM : 10h, TD : 5h) Spectroscopies électronique et infra-rouge des complexes de coordination, Réactivité en chimie de coordination : photochimie, réaction rédox, réaction de substitution, Réactivité en chimie organométallique : élimination réductrice, addition oxydative

Systèmes monofonctionnels (CM : 30h, TD : 15h) La réaction chimique organique : types fondamentaux, nature des réactions et des réactifs, intermédiaires réactionnels, aspects thermodynamique et cinétique, rôle des solvants Fonctions organiques, réactivité et mécanismes réactionnels : alcanes, alcènes, alcynes, hydrocarbures aromatiques, halogénures organiques, alcools, phénols et éthers oxydes

UE 5.4.2- Biologie spécialités « Immunologie, hématologie, microbiologie, pharmacologie » (CM : 45h, TD : 45h)

Hématologie : Physiopathologie de l’hématopoïèse et production des globules rouges, Production des plaquettes et hémostase primaire, Coagulation et fibrinolyse, Groupes sanguins

Immunologie : Les recepteurs de l’immunité innée, Cellules phagocytaires (polynucléaires neutrophiles, macrophages) et rôle dans la réponse immune. Complément, Récepteurs pour l’antigène des lymphocytes B et T, Ontogénèse et différenciation des lymphocytes B et T, Complexe majeur d’histocompatibilié. Cellules dendritiques et présentation de l’antigène, Cellules NK et lymphocytes T non conventionnels, Les cytokines. Les chimiokines, IgE et réactions allergiques, Vaccination, Les cytokines et les chimiokines, IgE et réactions allergiques, Mécanismes de régulation de la réponse immune

Microbiologie : Anatomie fonctionnelle des bactéries, La résistance aux antibiotiques, Les transferts de gènes de résistance aux antibiotiques, Relations hôte-micro-organisme : flore commensale et bactérie pathogène, Les virus, Relations hôte-virus

Pharmacologie : Les différentes étapes de recherche et développement, Le sort du médicament dans l’organisme, Les différentes stratégies d’intervention sur une neurotransmission, Bases moléculaires de mécanisme d’action des anti-cancéreux, Pharmacologie des psychotropes, Pharmacologie du système nerveux autonome : applications thérapeutiques

3Programme du 2^e semestre (S6) : UE 6.1 et au choix (UE6.2 à UE6.6) pour un total de 20 ECTS3
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UE 6.1- Formation générale
(100h, 10 ECTS, CM : 4h, TD : 10h, TP : 56h)

Atelier par domaine (TD : 10h) :
Acquisition de méthodes d’analyse d’articles en recherche, Rédaction de résumés et présentation orale

Travail d’études et de recherche personnel (TER, 30h)
Recherche bibliographique, Travail de synthèse, Rédaction d’un mémoire et présentation orale devant un jury

Travaux pratiques (50h) Outils informatiques (10h, CM : 4h, TP : 6h) : Enseignement complémentaire aux TIC des UE 2.1 et 3.1 pour faire le point sur la maîtrise pde compétences nécessaires à la validation du C2I niveau 1.
récupération et traitement des données, gestion des données, sauvegarde, archivage et recherche de ses données, présentation en présentiel et à distance du résultat d’un travail, échange et communication à distance, production en situation de travail collaboratif, positionnement face aux problèmes et enjeux de l’utilisation des TIC : droits et devoirs, aspects juridiques, déontologiques et éthiques.

Option

UE 6.2- Synthèse et chimie bioorganique
(60h, 8 ECTS, CM : 42h, TD : 18h)

Synthèse organique (30h, CM : 21h, TD : 9h)
Fonctions organiques, réactivité et mécanismes réactionnels : amines, aldéhydes, cétones et dérivés, acides carboxyliques et dérivés, Exemples de systèmes polyfonctionnels, Substances organiques naturelles : exemples d’utilisation dans la synthèse de composés d’intérêt biologique, Biosynthèse des terpènes et des stéroïdes

Chimie bioorganique (30h, CM : 21h, TD : 9h)
Logique thermodynamique du métabolisme : la glycolyse et la néoglucogenèse, la chaîne respiratoire, Analyse du “chemin chimique” au site actif d’une enzyme, Coenzymes : phosphate de thiamine, phosphate de pyridoxal, Biosynthèse et catabolisme des acides gras : rôle de la biotine, oxydation enzymatique, Logique chimique et bilan thermodynamique de la synthèse d’ATP, Acides nucléiques : molécules constitutives, ADN, ARN, nature des interactions, conformations, séquençage chimique

UE 6.3- Physiologie adaptative « Adaptation aux conditions extrêmes »
(60h, 8 ECTS, CM : 42h, TD : 18h)

Introduction à la physiologie de l’exercice musculaire et à la physiologie intégrative du muscle squelettique, thèmes qui seront largement développés dans le master par la suite. Physiologie de l’exercice musculaire et des conditions extrêmes. Réponse à l’exercice musculaire et adaptations à l’entraînement physique des grands systèmes physiologiques (cardiovasculaire, respiratoire, musculaire, métabolisme énergétique..). Physiopathologie de l’exercice. L’exercice comme moyen de prévention ou traitement de pathologies. Réponses à l’altitude, hypoxie, froid/chaud. Physiologie intégrative du muscle squelettique. Structure et fonction. Développement et sénescence. Régénération musculaire après lésion. Plasticité neuromusculaire. Pathologies et thérapies.

UE 6.4- Biochimie
(60h, 8 ECTS, CM : 36h, TD : 12h, TP : 12h)

Enzymologie : cinétiques à deux substrats, Introduction à la biochimie hormonale, Méthodologie des interactions, Interrelations métaboliques : aspects physiologiques et pathologiques

UE 6.5- 3 Options
(30h, 4 ECTS, CM : 21h, TD : 9h)

UE 6.5.1- Cellules souches
Sensibiliser les étudiants aux travaux sur les cellules souches et leurs rôles physiologiques ou pathologiques. Série de conférences d’initiation à des grands thèmes : Nous proposons des conférences de 2heures sur les cellules souches hématopoïétiques, les progéniteurs de la peau et de la cornée, les cellules souches vasculaires et cardiaques et les cellules souches neuronales et une série d’enseignements dirigés comportant des analyses d’articles, des réflexions sur les problèmes posés par l’utilisation de cellules souches embryonnaires, des réflexions sur les méthodes d’isolement, de culture et d’expansion et le contrôle de qualité dans le cadre des applications médicales.

UE 6.5.2- Biotechnologies
Biotechnologie microbienne et végétale, Uitilsation de microorganismes en chimie médicinale et environnementale, Biocatalyse : utilisation des enzymes en synthèse, application à des composés d’intérêt biologique

UE 6.5.3- Infectiologie
Objectif : Connaissances de la biologie des agents anti-infectieux et de leurs relations avec l’hôte
Bactériologie : Les facteurs de virulence bactériens, Relation hôte-bactérie, Cible des antibactériens, Les mécanismes de résistance aux antibiotiques, Evolution du procaryote : transferts d’information génétiques, acquisition de mécanisme de résistance, de facteurs de virulence
Virologie : Les relations hôte-virus avec : notion de tropisme, récepteurs à la surface de la cellule, éléments structuraux viraux intervenant dans la liaison aux récepteurs, les mécanismes de pénétration puis de multiplication virale intracellulaire, notion de latence, Cibles des antiviraux
Mycologie, Opportunisme et infections fongiques, Mode d’action et cibles pour nouvelles stratégies thérapeutiques, Mécanismes d’acquisition des résistances aux antifongiques
Parasitologie, Spécificités du parasitisme, Adaptation à la vie intracellulaire, Facteurs de virulence, Mécanismes d’adaptation des parasites, Variation antigénique et des récepteurs de surface, systèmes d’échappement, editing, Stratégies chimiothérapeutiques et mécanismes de résistances, Prion, Agent transmissible non conventionnel ou prion : épidémiologie, nature de l’agent transmissible, variabilité des souches, pathogénie, modèles cellulaires, Immunité anti-infectieuse La phylogénie des mécanismes de défenses élaborés contre les agents infectieux, Définition, effecteurs et rôle de l’immunité innée, Définition, effecteurs et rôle de l’immunité acquise

UE 6.6- 3 Options
(30h, 4 ECTS)

UE 6.6.1- Neurobiologie (CM : 21h, TD : 9h)
Introduction : Organisation générale du système nerveux, Propriétés bioélectriques des neurones, Transmission synaptique, Les processus sensoriel, Propriétés générales des systèmes sensoriels, La vision, L’audition et le système vestibulaire, L’olfaction, La douleur, Le mouvement, La cellule musculaire squelettique et son innervation, Contrôle du mouvement par la moelle épinière et le cerveau, Les fonctions complexes du système nerveux et leurs pathologies, Le sommeil, La mémoire, Les troubles de l’humeur

UE 6.6.2- De l’atome à la molécule (CM : 21h, TD : 9h)
Structure de l’atome et rayonnements (20 h)
Bases de la physique quantique. Dualité onde-corpuscule. Les relations de Heisenberg. Moments cinétiques et spin. Structure énergétique des atomes. Emission et absorption de rayonnements. Moments magnétiques.

La liaison chimique (10 h)
Liaison chimique : approximations, méthodes des variations, de perturbation et LCAO, applications à H2+, aux molécules diatomiques homo- et hétéro-nucléaires, méthodes de Hückel, applications aux molécules polyatomiques et aux complexes de coordination, réactivité chimique

UE 6.6.3- Nutrition (CM : 30h, et 30h de TP dans le cadre de l’UE 6.1)
Bases rationnelles de la nutrition, Besoins et apports en macronutriments, Micronutriments et stress oxydant, Les aliments

UE 6.7- 2 Options
(30h, 4 ECTS, CM : 21h, TD : 9h)

UE 6.7.1- Génétique humaine et population Bases moléculaires de la notion de dominance et de récessivité, Modèles animaux de maladies génétiques - exemple de la transgenèse chez la souris, Principales approches thérapeutiques des maladies génétiques, Introduction à la génétique épidémiologique, Génétique des populations : 1) Rôle des forces évolutives qui façonnent la variabilité génétique dans les populations humaines 2) Structure et diversité génétique des populations humaines 3) Relation entre structure du génome et génétique des populations ; Méthodes de l’épidémiologie génétique : présentation des méthodes statistiques d’analyse familiale et populationnelle pour caractériser la composante génétique des maladies humaines, Ecogénétique et pharmacogénétique

UE 6.7.2- Physique Vibrations moléculaires : Vibrations et rotations des molécules. Symétrie des vibrations et règles de sélection. Spectrométrie d’absorption dans l’infrarouge. Interféromètrie et systèmes dispersifs. Diffusion Raman spontanée, de résonance, exaltée par effet de surface.
Polarisation de la lumière : Polarisation par réflexion. Optique des milieux anisotropes. Propagation de la lumière dans des cristaux anisotropes. Polariseurs et analyseurs. Polarisation rotatoire. Activité optique des systèmes biologiques. Dichroïsme circulaire.